Pour comprendre Samos il faut s'attarder un peu à son histoire. La mythologie nous indique que Dyonisos, dieu de la vigne et du vin, arriva sur l'île alors qu'il poursuivait des amazones qui avaient repoussé ses avances. Il voulut se venger et demanda l'aide des samiotes. Il réussit ainsi à les tuer toutes et, en remerciement, il apprit à la population la viticulture en leur faisant cadeau du cep qui produit le vin de Samos (le moschato).
Après avoir été habitée par les Phéniciens, les Cariens, les Lélègues, c'est sous le règne de Polyccrate le tyran (535-522avant J-c) que l'île connut sa plus grande prospérité, celle ci fut accompagnée par un développement important des Sciences et des Arts.

Elle est la patrie d'Ésope (fabuliste grec, VIIe siècle), de Pythagore (mathématicien et philosophe, v.-580/v.-490) et de l'architecte Rhoikos (ou Rhaekos, v.-575/v.-525) qui construisit le premier temple d'Héra, l'Héraion.
Il subsiste de la Samos antique l'enceinte nord et une partie de l'enceinte est, avec ses tours et ses portes. Cette île est un ancien évêché.

Samos fut attaquée par les athéniens en 440 avant notre ère. Elle passa successivement aux mains des Macédoniens, des Ptolémées d'Egypte, des Romains et, à la chute de Constantinople, elle fut désertée jusqu'au milieu du XVIe siècle. Elle joua un rôle important dans la guerre  d'indépendance et eut un régime spécial d'autonomie appelé principauté pendant 80 ans. En 1912 elle fut rattachée à la Grèce.