Des marins portugais font naufrages au large de Tolanaro en
1504, ils s'y installèrent, battirent un fortin, mais furent chassé en 1527 par la population des Antanosy.

En 1642, le Gouverneur Jacques de Pronis et Etienne de
Flacourt son assistant s'y installent pour le compte de la société française de l'orient, ils souhaitaient en faire une base commerciale et revendiquèrent ce territoire comme propriété du roi de France.

La route des Indes passaient par là, la colonie française y battit un fort, fort Flacourt puis Fort Dauphin en l'honneur du Dauphin
Louis XIV futur roi de France.

En 1674 une fois encore les Antanosy parvinrent à mettre cette colonie dehors, plus tard, lors du commerce des esclaves, les français se servirent de Fort Dauphin comme port.

Au début du XX ème siècle la ville faisait partie intégrante de la colonie
Française à Madagascar, et cela jusqu'à son indépendance en 1960.

 Aujourd'hui, elle est devenue un haut lieu du tourisme malgache.

Le port de Tôlanaro est une porte ouverte sur le monde, qui sert avant tout à l'exportation des langoustes, des crabes et des algues desséchées.
Il est composé d'un simple quai.